Todas as linhas de pesquisa tem sido realizadas em áreas de Floresta Atlântica e formações vegetais associadas com diferentes graus de ação antrópica no Estado do Rio de Janeiro
- Ecologia do epifitismo
- Ecologia de Bromeliaceae
- Dinâmica de comunidades vegetais
- Biologia reprodutiva de espécies vegetais
- Agrometeorologia
- Interação Animal/Planta e Biologia da Conservação
- Ecologia de invertebrados
- Manejo de resíduos sólidos e Educação Ambiental
- Meteorologia, Agrometeorologia
- Crescimento de Florestas Nativas
- Climatologia Florestal e Hidrologia Florestal
- Agroecologia e Conservação da Biodiversidade
- Trabalhos de pesquisa focados em insetos no domínio da - mata atlântica. Os estudos são desenvolvidos em estações experimentais (Fazendinha Agroecológica)
- Unidades de Conservação (Reservas Biológicas)
- Agroecossistemas no Estado do Rio de Janeiro
- Ecologia Florestal
- Solos Florestais
- Educação Ambiental
- Agrometeorologia
- Manejo de Bacias Hidrográficas - estudos da dinâmica da passagem da água pelas bacias hidrograficas e formas de harmoniza-las com as ações a sua capacidade de suporte, para que se alcance o desenvolvimento sustentável
- Planejamento e Gestão Ambiental, com ênfase na gestão dos recursos ambientais
- Ecologia, Conservação e Bioacústica de Cetáceos
- Ecofisiologia vegetal com ênfase nas espécies da Mata Atlântica e Interação planta /microrganismo (bactérias fixadoras de nitrogênio)